En el año 2005, Honda decidió que Dome se encargaría de supervisar la ingeniería de sus dos coches y de la dirección del equipo Honda Racing. Uno de esos coches estaba pilotado por Ryo Michigami, para muchos uno de los mejores pilotos de GT de Honda. El coche era el Takata Dome NSX. Coincidiendo con la puesta a la venta de una edición limitada de NSX Type R GT, el modelo de carreras sufrió algunas modificaciones. Se incorporaron unos parachoques delanteros y traseros de longitud similar y otros cambios en la carrocería. Por su parte, el motor doble turbo V6 también pasó por el taller, en un intento por dejar atrás la mala temporada 2004. A pesar de tantos esfuerzos, en la primera carrera de Okayama y en la tercera de Sepang, el equipo no logró superar la séptima posición. Sin dejarse vencer por el desánimo, pusieron en marcha un nuevo plan que les permitiera destacar en la segunda mitad de la temporada. A partir de la cuarta carrera, celebrada en Sugo, el equipo volvió a montar un motor atmosférico. Al quitar el sistema turbo, el coche demostró ser mucho más veloz gracias a la disminución del peso, que además estaba mejor distribuido. Pero desgraciadamente el coche sufrió un contratiempo en la clasificatoria y se vio relegado a la decimoprimera posición en la parrilla de salida. Aunque el equipo se esforzó por mejorar su posición, un choque contra el Raybrig NSX marcó el final de la carrera para el Dome. En la quinta carrera de Motegi los espectadores pudieron disfrutar de la lucha del Takata Dome NSX por los primeros puestos, pero la parada en boxes coincidió con la del coche de ARTA e hizo perder al equipo un tiempo crucial. Finalmente, tuvieron que ceder el primer puesto a Raybrig y contentarse con el segundo. A esto le siguieron unas magníficas clasificaciones en la séptima carrera de Autopolis y en la octava de Suzuka, con un primer y segundo puesto respectivamente, pero el equipo no supo traducirlo en buenos resultados finales. Después de los contratiempos del 2005, la temporada 2006 se abrió con la última versión del Takata Dome NSX consiguiendo posición de pole en Okayama, la segunda carrera del circuito.