Cuando empezó la guerra del Pacífico, la armada japonesa tenía 63 submarinos. Ésta era una cantidad similar a la que poseía Alemania al principio de la Segunda Guerra Mundial, aunque el tamaño y el rol de los submarinos de cada armada eran muy diferentes. En general, los submarinos alemanes eran pequeños, de 350 ó 700 toneladas. En comparación, todos los submarinos japoneses eran de gran tamaño, pues incluían 11 de la clase de 1.000 toneladas, 4 de la de 1.400, 21 de 1.700-1.800 toneladas y 21 de más de 2.000t. La armada alemana utilizaba sus submarinos principalmente para atacar barcos comerciales y de transporte. Los japoneses apoyaban a la flota en las misiones, atacando al enemigo. No tenían suficiente autonomía para patrullar las aguas cerca del continente americano. Gracias a sus grandes dimensiones, al poderoso armamento y a su capacidad para recorrer grandes distancias, estos submarinos podían enfrentarse al enemigo incluso en alta mar. El corazón de esta fuerza eran 13 naves del tipo I-9 (Kou), tipo I-15 (Otsu) e I-16 (Hei), construidos bajo el tercer programa de sustitución naval de 1937. Cada tipo se diferenciaba en su equipamiento y el número de torpedos. Estos submarinos incorporaban la última tecnología y tenían un rendimiento superior al de los submarinos de cualquier otra potencia naval.
El submarino I-16 (Hei)
Los tipo Kou se diseñaron como buque insignia de los escuadrones de submarinos y los Otsu para misiones de reconocimiento, pero los tipo Hei estaban destinados únicamente a misiones de ataque. Tenían sus 8 torpedos montados en la proa, lo que convertía a este tipo de submarino en el más potente del mundo. El primer I-16 Hei se construyó el 30 de marzo de 1940. Participó en el ataque de Pearl Harbour con un submarino especial, llamado Kohyoteki, en la borda. Durante las operaciones siguientes, el I-16 atacó la bahía de Diego Suárez de Madagascar junto con el Kohyoteki y destruyó el buque insignia inglés Ramillies, el submarino British y hundió un petrolero. El 28 de noviembre de 1942, el I-16 dañó considerablemente al buque de transporte americano Alkiba, en la bahía Lunga. El 14 de mayo de 1944, el I-16 zarpó de la isla Truk para llevar material a Buin, pero desapareció. Más tarde, se descubrió que lo había hundido un destructor inglés.
El Kohyoteki era un submarino pequeño diseñado para ser lanzado desde el submarino principal muy cerca del objetivo, con el fin de torpedearlo. Tenía unos 24m de longitud y estaba equipado con 2 torpedos y 2 tripulantes. En el ataque de Pearl Harbour se utilizaron 5 de estos submarinos.
El submarino I-58 (Otsu)
El I-58 pertenecía al tipo Otsu. Según el programa de 1941, tenían que construirse 6 tipo I-40 y 3 tipo I-54. El I-58 se terminó como la tercera nave del tipo I-54. Uno de sus rasgos distintivos era que llevaba un pequeño hidroavión de reconocimiento tipo 0, el E-14 (Glen), y una catapulta para lanzarlo, pues el rol principal del I-58 era el de reconocimiento. Estaba equipado con 6 torpedos, tres a cada lado de la proa. En enero de 1945, el I-58 entró en acción por primera vez, como nave nodriza de torpedos humanos llamados kaiten. El submarino se unió a la Unidad Congo del Cuerpo Especial de Ataque de Kaiten y atacó el puerto de Apra de Guam con sus cuatro Kaiten. Más adelante, navegó las aguas de Okinawa y en julio se unió a la Unidad Tamon, con la que zarpó hacía las islas de Carolina del Este. El 30 de julio de 1945, el I-58 torpedeó y hundió el crucero pesado americano Indianapolis al norte de la isla Palau. Después, el I-58 regresó a su puerto de Kure, el 14 de agosto de 1945, un día antes de que la guerra llegara a su fin.
El Indianapolis era un crucero pesado de EEUU de la categoría de 10.000 toneladas. Cuando el I-58 lo hundió, se dijo que transportaba la tercera bomba atómica, que seguiría a las lanzadas en Hiroshima y Nagasaki.